در سال ۳۳۰ پیش از میلاد، اسکندر پس از تصرف شهر آرتاکوانا (اردکانه؟)، مرکز ساتراپی هریوا، آن را ویران کرد. سپس وی یا بازماندگانش در نزدیکی آرتاکوانا شهر جدیدی بنا کرده و نامش را «اسکندریه آریانا» (Alexandria in Ariana) نهادند و در آنجا این دژ را برای نظامیان خود ساخت که بقایای آن هنوز باقی است. هدف از ساختن این دژ، حفظ نظامیان از شورش احتمالی مردم شهر در برابر سلطهٔ مقدونی‌ها بود. این بنای عظیم هم‌اکنون در وسط شهر هرات موجود است. در اواخر دوره محمد ظاهرشاه و دوران سردار داودخان بودجه‌ای برای بازسازی ان اختصاص دادند که در پایان دوره داودخان دوباره احیا و بازسازی شد. برج و باروهای بزرگ این قلعه از دوردست‌ها قابل دیدن است

دژ اختیارالدین نخستین دژ استوار منطقه هرات در افغانستان است که اهالی آن به راهنمایی شمیره دختر فریدون به منظور رهایی از چیرگی و باجگیری دشمن آباد کردند. در سدهٔ چهارم پیش از میلاد در پی تهاجم اسکندر مقدونی ویران ولی پس از آن به فرمان خود او ازنو آباد شد. این دژ دوباره در اثر هجوم چنگیز ویران ولی بعدآ در عصر فخرالدین (۶۸۷ – ۷۰۶) توسط وزیرش اختیارالدین آباد شده و بنام وی نامیده شد.

در سال (۸۱۰) دوره شاهرخ فرزند تیمور لنگ که پایتخت خراسان را از سمرقند به هرات انتقال داد علاوه بر ترمیم ویرانی‌های گذشته به استوارسازی و آراستن این دژ نیز پرداخته شد.

این بنا در قرن هفتم توسط اختیار الدین مرمت شد وپس از خرابی‌های زمان مغولان مجدداً توسط ملک فخر الدین کرت تعمیر شد. قلعه اختیار الدین بدلیل مرکزیت حکومتی و نظامی همیشه مورد تخریب و صدمات نیروهای مهاجم بوده است. پس از حمله (۷۸۳ هـ .ق) و تصرف شهر هرات توسط وی صدماتی بر آن وارد شد و تا زمان حکومت شاهرخ در هرات به همان شکل باقی ماند و در سال (۸۱۸ هـ .ق) (۱۴۱۶ م ) توسط شاهرخ پسر تیمور مجدداً مرمت شد. این قلعه در زمان داوود خان (۱۹۷۵میلادی ) توسط یونسکو شروع به مرمت آن گردید که متاسفانه به دلیل رویکار آمدن رژیم کمونیستی نیمه کار ماند.